1. فرزانه کوهزادی , محمد فارسی , عبدالرضا باقری , منصور امیدی , توماس گیرکی , هوشنگ علیزاده , مقایسه ترانسکریپتوم گیاه جو (Hordeum vulgare L.) رقم افضل در پاسخ به تنش شوری با استفاده از تکنیک RNA-Seq , ژنتیک نوین , تاریخ: ۱۳۹۶/۱۲, صفحه ۲۰۱۸-۳
  2. جواد جانپور , محمد فارسی , فاطمه قلی زاده , حمید رضا پوریانفر , شراره رضائیان , بهینه سازی بستر کشت قارچ خوراکی شاه صدف با استفاده از ضایعات ارزان قیمت , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۶/۱۱, صفحه ۲۰۱۷-۱۰
  3. سیده مرضیه نوراشرف الدین , محمد فارسی , فرج اله شهریاری احمدی , جواد جانپور , غربالگری هموکاریون ها و تولیدنژاد دورگ جدید قارچ دکمه‌ای سفید (Agaricusbisporus) با استفاده از نشانگر ریزماهواره , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۶/۰۷, صفحه ۲۰۱۷-۸
  4. محمد فارسی , محمدجواد احمدی لاهیجانی , بررسی سرعت رشد میسلیوم و عملکرد جدایه های مختلف قارچ خوراکی دکمه ای سفید ( Agaricus bisporus ( در ایران , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۶/۰۲, صفحه ۲۰۱۶-۱۰
  5. رسول نجیب , محمد فارسی , امین میرشمسی کاخکی , سعیدرضا وصال , تعیین سیتولوژیکی مراحل مختلف توسعه میکروسپور در چهار رقم گوجه فرنگی (Lycopersicum esculentum Mill) , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۵/۱۲, صفحه ۲۰۱۵-۱۱
  6. محسن اشرفی , محمد فارسی , امین میرشمسی کاخکی , مژگان پروندی , طراحی و ساخت ناقل بیانی ژن فعال کننده پلاسمینوژن بافتی انسانی برای قارچ دکمه ای , فن آوری زیستی در کشاورزی , تاریخ: ۱۳۹۵/۰۳, صفحه ۲۰۱۵-۱۲
  7. مسعود عظیمی , مجید عزیزی ارانی , محمد فارسی , سیدحسین نعمتی , تأثیر ضایعات مختلف کشاورزی بر برخی از عوامل رشد، عملکرد و میزان پلی ساکارید خام (Ganoderma lucidum) میوه قارچ دارویی ریشی , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۵/۰۲, صفحه ۲۰۱۵-۹
  8. مهدی اخلاقی , سعید طریقی , محمد فارسی , پریسا طاهری , شناسایی و بررسی برخی فاکتورهای بیماریزایی جدایه های Pseudomonas tolaasii جدا شده از قارچ خوراکی تکمه ای سفید در ایران , Iranian Journal of Plant Pathology-بیماریهای گیاهی , تاریخ: ۱۳۹۴/۱۲, صفحه ۲۰۱۵-۱۱
  9. مژگان پروندی , محمد فارسی , امین میرشمسی کاخکی , محسن اشرفی , جداسازی و همسانه سازی ژن منگنز پراکسیداز (mnp) از قارچ صدفی خوراکی , بیوتکنولوژی کشاورزی , تاریخ: ۱۳۹۴/۰۹, صفحه ۲۰۱۴-۱۱
  10. رسول نجیب , محمد فارسی , امین میرشمسی کاخکی , سعیدرضا وصال , بررسی قابلیت آندروژنز و کالوس زایی در چهار رقم گوجه فرنگی (Lycopersicon esculentum Mill) به وسیله کشت بساک , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۴/۰۸, صفحه ۲۰۱۵-۷
  11. سعید نادی , محمد فارسی , سیدحسین نعمتی , حسین آروئی , غلامحسین داوری نژاد , استفاده مجدد از خاک پوششی مصرف شده واحدهای پرورش قارچ دکمه‌ای , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۳/۱۲
  12. محسن علی پور , محمد فارسی , امین میرشمسی کاخکی , بهبود عملکرد قارچ دکمه‌ای سفید با استفاده از روش گزینش تک‌اسپوری به کمک نشانگر AFLP , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۳/۱۰
  13. خلیل ملک زاده , احسان محسنی فرد , بنفشه جلال زاده , محمد فارسی , تفکیک و شناسایی نژادهای قارچ خوراکی دکمه ای با استفاده از نشانگرهای ISSR, ITS, IGS , ژنتیک نوین , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۷
  14. میثم شعبانی , محمد فارسی , امین میرشمسی کاخکی , بررسی اثر اتیلن بر میزان بیان ژن های DAT، G10H، T16H و AVLBS در گیاه پروانش , ژنتیک نوین , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۵
  15. نفیسه تقی زاده , محمد فارسی , علی پاکدین پاریزی , سعید طریقی , تعیین فعالیت سلولازی آکتینومیست های گرما دوست موجود در کمپوست قارچ خوراکی به روش ارزیابی با کاغذ صافی , پژوهش های سلولی و ملکولی , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۱, صفحه ۲۰۱۲-۷
  16. عسکر غنی , مجید عزیزی ارانی , سیدحسین نعمتی , جمال سحر خیز , محمد فارسی , بررسی تنوع بیوشیمیایی عصاره تعدادی از جمعیت های نعنای خوراکی , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۲/۱۲
  17. احسان محسنی فرد , محمد فارسی , قاسم حسینی سالکده , امین میرشمسی کاخکی , مریم شهبازی , بررسی تغییر بیان microRNAهای تنظیم کننده فاکتورهای رونویسی SPL برنج در پاسخ به تنش خشکی , زیست فناوری گیاهان زراعی , تاریخ: ۱۳۹۲/۱۲
  18. محمد مجیدی , محمد فارسی , احمدرضا بهرامی , جواد بهروان , سیدحسن مرعشی , همسانه‌سازی، آنالیز بیان و بررسی روابط خویشاوندی ژن dbat از گیاه سرخدار بومی ایران (Taxus baccata L.) , گیاهان دارویی- Journal of Medicinal Plants , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۹
  19. زهرا موفقی , عباس مکارم , نرگس بیرقی , فخرالسادات حسینی , محمد فارسی , مهلت داده شده به بیماران برای توضیح علت مراجعه به پزشک در درمانگاه های سرپایی دانشگاه علوم پزشکی مشهد , آموزش در علوم پزشکی , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۷
  20. مسعود سعیدی , مهدی خجسته پور , محمدحسین عباسپور فرد , محمد فارسی , امین نیکخواه کلاچاهی , بررسی انرژی مصرفی تولید قارچ دکمه ای (Agaricus bisporus) در سطوح مختلف بستر کشت سالیانه در استان خراسان رضوی , مکانیزاسیون کشاورزی , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۷
  21. راحله خطیب زاده , مجید عزیزی ارانی , حسین آروئی , محمد فارسی , مطالعه اثر نوع ریزنمونه و سطوح مختلف تنظیم کنندگاه رشد بر کالزایی در گیاه دارویی Levisticum officinalis در محیط کشت MS تغییر یافته , تحقیقات گیاهان دارویی و معطر ایران , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۶
  22. محمد فارسی , علی پاکدین پاریزی , خلیل ملک زاده , بررسی تنوع آکتینومیست‌های کمپوست قارچ خوراکی دکمه‌ای با استفاده از تجزیه و تحلیل الگوی قطعات برشی ژن 16S rRNA , ژنتیک نوین , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۵
  23. راحله خطیب زاده , مجید عزیزی ارانی , حسین آروئی , محمد فارسی , اثر تیمارهای ضدعفونی سطحی و چینه سرمایی بر جوانه زنی بذر انجدان رومی تحت شرایط درون شیشه ای , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۵
  24. شیرین رضائی , امیر لکزیان , محمد فارسی , محبوبه ابوالحسنی زراعتکار , غلامحسین حق نیا , امکان جایگزینی پیت با کمپوست مصرف شده در تولید قارچ خوراکی دکمه‌ای سفید (Agaricus bisporus) , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۱
  25. فاطمه بطیاری , جمیل واعظی , حمید اجتهادی , محمد فارسی , محمدرضا جوهرچی , تاکسونومی عددی سرده سالویا (نعناعیان) با تاکید بر گروه های D و E فلورا ایرانیکا در شمال شرق ایران , علوم-دانشگاه خوارزمی , تاریخ: ۱۳۹۱/۱۲
  26. مریم توانا , مجید عزیزی ارانی , محمد فارسی , فاطمه بانشی , بهینه سازی ترکیب های بستر کشت غوطه ور قارچ دارویی Ganoderma lucidum به منظور افزایش تولید بیومس میسلیومی و پل یساکارید برون سلولی , تحقیقات گیاهان دارویی و معطر ایران , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۹
  27. آسیه اسماعیلی , جمیل واعظی , حمید اجتهادی , محمد فارسی , محمدرضا جوهرچی , مطالعه تاکسونومیک جنس Hymenocrater Fisch. & C. A. Mey. از تیره Lamiaceae، در منطقه خراسان , تاکسونومی و بیوسیستماتیک , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۹
  28. نفیسه تقی زاده , محمد فارسی , علی پاکدین پاریزی , بهینه سازی شرایط تولید اندوگلوکاناز باکتری های آکتینومیست جدا شده از کمپوست قارچ خوراکی , بیوتکنولوژی کشاورزی , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۹
  29. محسن محمودنیامیمند , محمد فارسی , سیدحسن مرعشی , پرویز عبادی باباجان , بررسی پاسخ‌های فیزیولوژیکی چهار گونه گوجه فرنگی به تنش خشکی , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۹
  30. زهرا نعمتی , علی تهرانی فر , محمد فارسی , امین میرشمسی کاخکی , سیدحسین نعمتی , بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های انار از هفت منطقه ایران با استفاده از نشانگر AFLP , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۷
  31. مریم نبی پور , محمد فارسی , سیدحسین نعمتی , سعید ملک زاده شفارودی , بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های گوجه فرنگی با استفاده از نشانگرهای مولکولی AFLP در و ارتباط آن با هتروزیس , پژوهشهای زراعی ایران , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۵
  32. رضا بهروزی , محمد فارسی , نسا جعفری , میثم شیخ پور آهندانی , تاثیر میدان مغناطیسی ایستا بر برخی خصوصیات رشدی قارچ صدفی (Pleorotus florida) , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۲
  33. سمیه قائم پناه , جمیل واعظی , حمید اجتهادی , محمد فارسی , محمدرضا جوهرچی , مطالعه مورفومتریک گونه های جنس در استانهای خراسان شمالی، رضوی و جنوبی , تاکسونومی و بیوسیستماتیک , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۲
  34. سمیه قائم پناه , جمیل واعظی , حمید اجتهادی , محمد فارسی , محمدرضا جوهرچی , مطالعه مورفومتریک گونه های جنس (Erysimum L. (Brassicaceae در استان های خراسان شمالی، جنوبی و رضوی , تاکسونومی و بیوسیستماتیک , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۲
  35. نرگس علیزاده تمام , محمد فارسی , محمد مجیدی , یداله آکردی , بهینه‌سازی ترکیبات مختلف محیط کشت جهت افزایش تولید کالوس در سرخدار معمولی (Taxus baccata) , پژوهشهای زراعی ایران , تاریخ: ۱۳۹۰/۱۲
  36. مریم رحیمی , سیدحسن مرعشی , محمد فارسی , محمود قربان زاده نقاب , معصومه رحیمی , بررسی چند شکلی ژنتیکی در ارقام گلرنگ با استفاده از نشانگر RAPD , دانش کشاورزی و تولید پایدار , تاریخ: ۱۳۹۰/۰۹
  37. احسان محسنی فرد , محمد فارسی , سیدحسین نعمتی , خلیل ملک زاده , ارزیابی تنوع ژنتیکی 16 لاین گوجه‌فرنگی (Lycopersicon esculentum) با استفاده از نشانگر مولکولی SSR و بررسی همبستگی آن با هتروزیس , علوم باغبانی ایران , تاریخ: ۱۳۹۰/۰۷
  38. سیدحسین نعمتی , علی اکبر اسماعیلی , غلامحسین داوری نژاد , محمد فارسی , اثرات هرس و تراکم بوته روی صفات مرتبط با عملکرد سه رقم خیار گلخانه ای , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۰/۰۲
  39. محمد فارسی , پریسا طاهری , اسداله کردیانی ارخودی , بررسی نقش قارچ‌های گرمادوست در کمپوست قارچ خوراکی دکمه‌ای سفید , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۹۰/۰۱
  40. جواد حسن جانپور , محمد فارسی , جداسازی و همسانه سازی ژن منگنز پراکسیداز (mnp) از قارچ خوراکی دکمه ای سفید , زیست شناسی گیاهی ایران , تاریخ: ۱۳۸۹/۰۹
  41. لیلا جدی , ابراهیم دورانی علیایی , محمد فارسی , بهینه سازی عوامل مؤثر بر انتقال ژن به وسیله آگروباکتریوم تومه فشینس به گوجه فرنگی , پژوهشهای زراعی ایران , تاریخ: ۱۳۸۹/۰۹
  42. لیلا رازقی یدک , مجید عزیزی ارانی , محمد فارسی , مطالعه تاثیر ترکیبات مختلف سوبسترا بر فرایند میوه دهی قارچ شی تاکه , پژوهشهای زراعی ایران , تاریخ: ۱۳۸۹/۰۶
  43. علیرضا آستارائی , محمد فارسی , علی پاکدین پاریزی , مرجان قائمی , فرنوش فلاح پور , بررسی توانایی تجزیه زیستی کاه و کلش گندم (Tritichum aestivum. L) توسط گونه‌های مختلف جنس تریکودرما (.Trichoderma spp , بوم شناسی کشاورزی-Journal of Agroecology , تاریخ: ۱۳۸۹/۰۳
  44. سمیه حیدری , سیدحسن مرعشی , محمد فارسی , امین میرشمسی کاخکی , بررسی تنوع توده های وحشی و زراعی زرشک استان های خراسان با استفاده از نشانگر های مورفولوژیکی و ارزیابی کارآیی آن در مطالعات سیستماتیک , پژوهشهای زراعی ایران , تاریخ: ۱۳۸۸/۱۲
  45. علی پاکدین پاریزی , محمد فارسی , سیدحسن مرعشی , تاثیر تلقیح آکتینومایست ها و بیوماس آنها در کمپوست بر روی رشد میسلیوم قارچ خوراکی تکمه ای , آب و خاک , تاریخ: ۱۳۸۸/۰۸
  46. لیلا رازقی یدک , مجید عزیزی ارانی , محمد فارسی , شادی شاه طهماسبی , بررسی تاثیر ترکیب محیط کشت، pH و دما بر سرعت رشد و وزن میسلیوم قارچ شی تا که در شرایط جامد و مایع , علوم باغبانی , تاریخ: ۱۳۸۸/۰۶
  47. پریسا قربانی فعال , محمد فارسی , حمید رضا پوریانفر , محسن محمود نیا , جعفر ذوالعلی , تهیه شناسنامه مولکولی برای 12 نژاد اصلاح شده قارچ خوراکی دکمه ای Agaricus bisporus با استفاده از نشانگرهای AFLP , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۸/۰۶
  48. آذرنوش جعفری , محمد فارسی , مریم بهروزیان , مطالعه تاکسونومی برخی گونه های جنس میخک (Dianthus L) در حوزه خراسان شمالی , پژوهش های علوم گیاهی , تاریخ: ۱۳۸۸/۰۵
  49. سمیه حیدری , سیدحسن مرعشی , محمد فارسی , امین میرشمسی کاخکی , بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت های وحشی و زراعی زرشک (Berberis sp.) استانهای خراسان با استفاده از نشانگرهای مولکولی AFLP , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۷/۱۲
  50. فرج اله شهریاری احمدی , خلیل ملک زاده , محمد فارسی , احسان محسنی فرد , تنوع آللی ژنهای سختی دانه در گندم های تجاری و بومی ایران , علوم آب و خاک , تاریخ: ۱۳۸۷/۰۹
  51. حمید رضا گردان , محسن محمودنیامیمند , جعفر ذوالعلی , مهشید خاتمی راد , محمد فارسی , بررسی قابلیت نشانگر مولکولی AFLP در تعیین انگشت نگاری ژنتیکی و روابط فیلوژنتیکی قارچ خوراکی , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۷/۰۹
  52. سید مسعود شعاع حسینی , محمد فارسی , سعید خاوری خراسانی , بررسی اثرات تنش کمبود آبی بر عملکرد و اجزای عملکرد در چند هیبرید ذرت دانه ای با استفاده از تجزیه علیت , دانش کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۷/۰۹
  53. مهشید خاتمی راد , محمد فارسی , حمید رضا پوریان فر , بررسی ترکیب پذیری عمومی و خصوصی ده جدایه هموکاریون در قارچ خوراکی دکمه ای , دانش کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۷/۰۶
  54. جعفر ذوالعلی , محمد فارسی , احمدرضا بهرامی , مریم مقدم متین , مهدی قبولی , بررسی مقایسه ای بیان آنزیم اندونوکلئاز CELL I در چند گیاه از خانواده چتریان به روش مقایسه نیمه کمی RT-PCR , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۷/۰۴
  55. حمیدرضا گردان , مهشید خاتمی راد , جعفر ذوالعلی , محمد فارسی , معرفی و ثبت سه نژاد اصلاح شده از قارچ خوراکی‌دکمه‌ای-Agaricus bisporus , دانش کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۶/۱۲
  56. مجید عزیزی ارانی , مصطفی اقابزرگی , محمد فارسی , علی تهرانی فر , جعفر ذوالعلی , مهدی قبولی , مطالعه واکنش ریشه‌زایی برخی از گیاهان باغبانی در تلقیح با Agrobacterium rhizogenes , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۶/۰۹
  57. افسانه محکمی , سیدحسن مرعشی , محمد فارسی , احمدرضا بهرامی , جداسازی ژن هیوسیامین - 6B- هیدروکسیلاز (h6h) از ریشه هی کشت شده و همسانه سازی آن در باکتری E.coli , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۶/۰۴
  58. زهرا موفقی , محمد فارسی , حسین کریمی , حوزه های بیوانرژتیک و سازوکار تأثیرات زیستی آنها , توانبخشی , تاریخ: ۱۳۸۶/۰۲
  59. بهمن حسینی خلیفانی , فرج اله شهریاری احمدی , هاله هاشمی , سیدحسن مرعشی , محمد فارسی , بهینه سازی انتقال ژن به گوجه فرنگی با استفاده از آگروباکترویوم و ژن گزارشگر GUS , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۵/۱۲
  60. علی مرجانی , محمد فارسی , مجید رحیمی زاده , بررسی تحمل به خشکی ده ژنوتیپ نخود دیم در مرحله جوانه زنی با استفاده از پلی اتیلن گلایکو 6000 , علوم کشاورزی-دانشگاه آزاد , تاریخ: ۱۳۸۵/۱۲
  61. محسن محمودنیامیمند , محمد فارسی , سیدحسن مرعشی , فرج اله شهریاری احمدی , جعفر ذوالعلی (دانشجو) , تولید گیاهان بذرالبنج تراریخت (Hyoscyamus muticus) بوسیله آگروباکتریوم رایزوژنز , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۵/۱۰
  62. گلنار قاضيان , مجید عزیزی ارانی , محمد فارسی , بررسی جنبه های کشت درون شیشه ای گل راعی بومی ایران(Hypericum perforatum) , تحقیقات گیاهان دارویی و معطر ایران , تاریخ: ۱۳۸۵/۰۱
  63. امین میرشمسی کاخکی , محمد فارسی , فرج اله شهریاری احمدی , سیدحسین نعمتی , برآورد قابلیت ترکیب پذیری و هتروزیس برای صفات مرتبط با عملکرد و زودرسی در هفت لاین گوجه فرنگی با استفاده از روش دای آلل , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۴/۱۲
  64. محمد فارسی , ماهرخ فلاحتی رستگار , استفاده از نشانگرهای مولکولی RAPD به منظور جداسازی جدایه های هموکاریون در قارچ خوراکی دکمه ای سفید , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۴/۰۶
  65. محمد فارسی , نسرین مشتاقی , فرج اله شهریاری احمدی , حمید رضا گردان , محمود رئیسی , بررسی ثبات رشد و میزان آلکالوئیدهای ریشه های مویین تراریخت در گیاه داتور , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۴/۰۶
  66. محمدعلی سبک خیزخیاط , بهروز جعفرپور , ماهرخ فلاحتی رستگار , محمدرضا نصیری , محمد فارسی , شناسایی و تعیین پراکنش ویروس موزائیک خیار در مزارع شمال استان خراسان , پژوهشهای علوم و صنایع غذایی ایران , تاریخ: ۱۳۸۳/۰۵
  67. ابراهیم دورانی علیائی , محمد فارسی , عبدالرضا باقری , بهزاد قره‌یاضی , بهینه سازی انتقال ژن به سیب‌زمینی با استفاده از آگروباکتریوم و ژن گزارشگر gus , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۲/۰۱
  68. محمد فارسی , حمیدرضا گردان , تولید اسپان هیبرید در قارچ خوراکی دکمه ای سفیدAgaricus bisporus به منظور افزایش عملکرد , علوم و صنایع کشاورزی , تاریخ: ۱۳۸۰/۱۲
  69. محمد فارسی , جواد قریش الحسینی , عفت جعفری , بررسی سیتوژنتیکی چندگونه از جنس بومادرانAchillea در ایران , دانش کشاورزی , تاریخ: ۱۳۷۹/۱۲